A Escola foi fundada em 22-03-1972 com o nome de Escola de Área Polivalente, tendo na direção a Professora Velci Soares Machado. Na época os alunos eram atendidos no turno integral tendo como destaque as oficinas de Técnicas Industriais, Comerciais, Agrícolas e Domésticas.
O uso do uniforme era obrigatório. Os meninos usavam calça marrom, camisa rosa e gravata marrom. As meninas tinham como uniforme a saia de prega marrom, camisa rosa e gravata marrom.
A escola se destacava nos esportes especialmente no handebol. Possuia um grupo de teatro que participava dos festivais na região e um grupo de danças.
Os alunos tinham um bom desempenho e eram destaque nas escolas que chegavam após o término do ensino fundamental no Polivalente.
Vários professores que iniciaram suas atividades docentes com a fundação da escola permaneceram na mesma construindo sua história na educação vindo posteriormente a se aposentar. São eles: Professora Carmem Samuel, Eneida Vieira Ferretto, Teresinha Almeida, Carlos Santiago. Também salientamos que vários alunos tornaram-se professores e vieram atuar na escola. São eles Ana Cristina da Silva Cavalheiro, Cenira Isabel Grás Paz, Loreni Schneider, Luiza Neci Silva Kalb, Mary Balbina Abreu Ribeiro e Rosely Schneider.
No decorrer de sua história a escola Polivalente foi mudando seu nome: primeiramente chamou-se Ginásio Estadual de Santo Ângelo, depois Escola de 1º grau Pedro II - 5ª a 8ª Série, mais tarde Escola Estadual de 1º e 2º graus Pedro II e finalmente Colégio Estadual Pedro II.
Atualmente contamos com 662 alunos divididos em três turnos (manhã, tarde e noite) nas modalidades de Ensino Fundamental, Ensino Médio e Técnico em Secretariado.
A Direção atual é composta por: Diretora Raquel Eickhoff Souto e Vice-diretoras: Lilian Rita Gewehr Tisott, Loreni Schneider e Leonice Maria Massaia Kuphal.
